Con so là gì? Các công bố khoa học về Con so

Cách tiếp cận phổ biến với vấn đề đa chiều yêu cầu kiểm soát tỷ lệ lỗi gia đình (FWER). Tuy nhiên, phương pháp này có những thiếu sót và chúng tôi chỉ ra một số điểm. Một cách tiếp cận khác cho các vấn đề kiểm định ý nghĩa đa tiêu chuẩn được trình bày. Phương pháp này yêu cầu kiểm soát tỷ lệ phần trăm dự kiến ​​của các giả thuyết bị bác bỏ sai — tỷ lệ phát hiện sai. Tỷ lệ lỗi này tương đương với FWER khi tất cả các giả thuyết đều đúng nhưng nhỏ hơn trong các trường hợp khác. Do đó, trong các vấn đề mà việc kiểm soát tỷ lệ phát hiện sai chứ không phải FWER là mong muốn, có khả năng cải thiện sức mạnh kiểm định. Một quy trình Bonferroni kiểu tuần tự đơn giản được chứng minh là kiểm soát tỷ lệ phát hiện sai cho các thống kê kiểm tra độc lập, và một nghiên cứu mô phỏng cho thấy sự cải thiện sức mạnh là đáng kể. Sử dụng quy trình mới và tính thích hợp của tiêu chí này được minh họa qua các ví dụ.

Tóm tắt: Dự kiến các công nghệ biểu hiện gen số (DGE) mới nổi sẽ vượt qua công nghệ chip vi thể trong tương lai gần cho nhiều ứng dụng trong gen học chức năng. Một trong những nhiệm vụ phân tích dữ liệu cơ bản, đặc biệt cho các nghiên cứu biểu hiện gen, liên quan đến việc xác định liệu có bằng chứng cho thấy sự khác biệt ở số lượng của một bản sao hoặc exon giữa các điều kiện thí nghiệm hay không. edgeR là một gói phần mềm Bioconductor dùng để kiểm tra sự biểu hiện khác biệt của dữ liệu đếm lặp lại. Một mô hình Poisson phân tán quá mức được sử dụng để tính đến cả tính biến thiên sinh học và kỹ thuật. Các phương pháp Bayes thực nghiệm được sử dụng để điều chỉnh mức độ phân tán quá mức giữa các bản sao, cải thiện độ tin cậy của suy diễn. Phương pháp này có thể được sử dụng ngay cả với các mức độ lặp lại tối thiểu, miễn là ít nhất một kiểu hình hoặc điều kiện thí nghiệm được lặp lại. Phần mềm này còn có thể có các ứng dụng khác ngoài dữ liệu giải trình tự, chẳng hạn như dữ liệu số lượng peptide proteome.

Khả năng truy cập: Gói này có sẵn miễn phí theo giấy phép LGPL từ trang web Bioconductor (http://bioconductor.org).

Liên lạc: [email protected]

Multiwfn là một chương trình đa chức năng dùng để phân tích hàm sóng. Các chức năng chính của nó bao gồm: (1) Tính toán và trực quan hóa hàm không gian thực, chẳng hạn như thế năng tĩnh điện và hàm định vị điện tử tại điểm, trên một đường, trong một mặt phẳng hoặc trong một không gian nhất định. (2) Phân tích dân số. (3) Phân tích bậc liên kết. (4) Phân tích thành phần quỹ đạo. (5) Vẽ đồ thị mật độ trạng thái và phổ. (6) Phân tích hình thái cho mật độ điện tử. Một số công cụ hữu ích khác liên quan đến nghiên cứu hóa học lượng tử cũng được cung cấp. Module đồ họa tích hợp cho phép kết quả phân tích hàm sóng được vẽ trực tiếp hoặc xuất ra tệp đồ họa chất lượng cao. Giao diện chương trình rất thân thiện với người dùng và phù hợp cho cả mục đích nghiên cứu và giảng dạy. Mã nguồn của Multiwfn đã được tối ưu hóa và song song hóa một cách đáng kể. Hiệu suất của nó được chứng minh là cao hơn đáng kể so với các chương trình liên quan có cùng chức năng. Năm ví dụ thực tiễn với sự đa dạng về hệ thống và phương pháp phân tích đã được đưa ra để minh họa tính hữu ích của Multiwfn. Chương trình được cung cấp miễn phí và mã nguồn mở. Tệp đã biên dịch sẵn và mã nguồn có sẵn tại http://multiwfn.codeplex.com. © 2011 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem, 2011

Một phương trình mới và tương đối đơn giản cho đường cong áp suất chứa nước trong đất, θ(h), được giới thiệu trong bài báo này. Dạng cụ thể của phương trình này cho phép đưa ra các biểu thức phân tích dạng khép kín cho độ dẫn thủy lực tương đối, K_r, khi thay thế vào các mô hình độ dẫn dự đoán của N.T. Burdine hoặc Y. Mualem. Các biểu thức thu được cho K_r(h) chứa ba tham số độc lập có thể được xác định bằng cách điều chỉnh mô hình giữ nước trong đất đã đề xuất với dữ liệu thực nghiệm. Kết quả thu được từ các biểu thức khép kín dựa trên lý thuyết Mualem được so sánh với dữ liệu độ dẫn thủy lực quan sát cho năm loại đất có đặc tính thủy lực khác nhau. Độ dẫn thủy lực không bão hòa được dự đoán tốt trong bốn trên năm trường hợp. Kết quả cho thấy rằng việc mô tả hợp lý đường cong giữ nước trong đất ở mức chứa nước thấp là quan trọng để dự đoán chính xác độ dẫn thủy lực không bão hòa.

Các dự án giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo (NGS), chẳng hạn như Dự án Bộ Gen 1000, đã và đang cách mạng hóa sự hiểu biết của chúng ta về sự biến dị di truyền giữa các cá nhân. Tuy nhiên, các tập dữ liệu khổng lồ được tạo ra bởi NGS—chỉ riêng dự án thí điểm Bộ Gen 1000 đã bao gồm gần năm terabase—làm cho việc viết các công cụ phân tích giàu tính năng, hiệu quả và đáng tin cậy trở nên khó khăn ngay cả đối với những cá nhân có kiến thức tính toán phức tạp. Thực tế, nhiều chuyên gia gặp phải giới hạn về quy mô và sự dễ dàng trong việc trả lời các câu hỏi khoa học bởi sự phức tạp trong việc truy cập và xử lý dữ liệu do những máy này tạo ra. Trong bài báo này, chúng tôi thảo luận về Bộ công cụ Phân tích Bộ Gen (GATK) của chúng tôi, một khung lập trình có cấu trúc được thiết kế để tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển của các công cụ phân tích hiệu quả và đáng tin cậy dành cho các máy giải trình tự DNA thế hệ tiếp theo sử dụng triết lý lập trình hàm MapReduce. GATK cung cấp một bộ mẫu truy cập dữ liệu nhỏ nhưng phong phú, bao trùm hầu hết các nhu cầu của công cụ phân tích. Việc tách biệt các tính toán phân tích cụ thể khỏi hạ tầng quản lý dữ liệu chung cho phép chúng tôi tối ưu hóa khung GATK về độ chính xác, độ ổn định, và hiệu quả CPU và bộ nhớ, cũng như cho phép phân giải song song bộ nhớ chia sẻ và phân tán. Chúng tôi nhấn mạnh các khả năng của GATK bằng cách mô tả việc triển khai và ứng dụng các công cụ đáng tin cậy và dung nạp quy mô như máy tính phủ và gọi đa hình đơn nucleotide (SNP). Chúng tôi kết luận rằng khung lập trình GATK cho phép các nhà phát triển và nhà phân tích nhanh chóng và dễ dàng viết các công cụ NGS hiệu quả và đáng tin cậy, nhiều công cụ trong số đó đã được tích hợp vào các dự án giải trình tự quy mô lớn như Dự án Bộ Gen 1000 và Atlas Bộ Gen Ung thư.

Hệ thống máy tính không thể cải thiện hiệu suất tổ chức nếu chúng không được sử dụng. Thật không may, sự kháng cự từ người quản lý và các chuyên gia đối với hệ thống đầu cuối là một vấn đề phổ biến. Để dự đoán, giải thích và tăng cường sự chấp nhận của người dùng, chúng ta cần hiểu rõ hơn tại sao mọi người chấp nhận hoặc từ chối máy tính. Nghiên cứu này giải quyết khả năng dự đoán sự chấp nhận máy tính của mọi người từ một thước đo ý định của họ, và khả năng giải thích ý định của họ dựa trên thái độ, quy chuẩn chủ quan, giá trị sử dụng cảm nhận, sự dễ dàng sử dụng cảm nhận và các biến liên quan. Trong một nghiên cứu dài hạn trên 107 người dùng, ý định sử dụng một hệ thống cụ thể, được đo lường sau một giờ giới thiệu về hệ thống, có tương quan 0.35 với việc sử dụng hệ thống 14 tuần sau đó. Tương quan giữa ý định và việc sử dụng là 0.63 vào cuối thời gian này. Giá trị sử dụng cảm nhận ảnh hưởng mạnh mẽ đến ý định của mọi người, giải thích hơn một nửa sự biến thiên trong ý định vào cuối 14 tuần. Sự dễ dàng sử dụng cảm nhận cũng có tác động nhỏ nhưng có ý nghĩa đến ý định, mặc dù hiệu ứng này giảm dần theo thời gian. Thái độ chỉ một phần nào đó trung gian hóa những ảnh hưởng của những niềm tin này đối với ý định. Quy chuẩn chủ quan không có tác động đến ý định. Những kết quả này gợi ý khả năng về những mô hình đơn giản nhưng mạnh mẽ của các yếu tố quyết định sự chấp nhận của người dùng, có giá trị thực tiễn trong việc đánh giá các hệ thống và hướng dẫn các can thiệp của quản lý nhằm giảm thiểu vấn đề công nghệ máy tính không được sử dụng hết.